Η ΕΘΑΑΕ με απόφαση του Ανώτατου Συμβουλίου εισηγείται στον Υπουργό Παιδείας και Θρησκευμάτων :α) το πρόγραμμα εθνικής στρατηγικής για την ανώτατη εκπαίδευση, β) τις προγραμματικές συμφωνίες του Υπουργείου Παιδείας και Θρησκευμάτων με το κάθε Α.Ε.Ι., γ) την ίδρυση, συγχώνευση, κατάτμηση, κατάργηση, μετονομασία των Α.Ε.Ι. και των επιμέρους ακαδημαϊκών μονάδων τους, δ) προτάσεις για τη συνεχή διασφάλιση υψηλής ποιότητας στην ανώτατη εκπαίδευση, ε) προτάσεις και μέτρα για την ενίσχυση της διεθνοποίησης των Α.Ε.Ι.

Η ΕΘΑΑΕ με απόφαση του Ανώτατου Συμβουλίου εισηγείται στον Υπουργό Παιδείας και Θρησκευμάτων α) την κατανομή του ετήσιου συνολικού προϋπολογισμού επιχορηγήσεων στα Α.Ε.Ι., του οποίου το είκοσι τοις εκατό (20%) κατανέμεται με βάση τους δείκτες ποιότητας και επιτευγμάτων κάθε ιδρύματος, β) την κατανομή θέσεων προσωπικού στα Α.Ε.Ι. γ)τα επίκαιρα κάθε φορά κριτήρια και τον τρόπο κατανομής της κρατικής επιχορήγησης στα Α.Ε.Ι., διασφαλίζοντας τη διαφάνεια των κριτηρίων και δεικτών επιχορήγησης των Α.Ε.Ι., ιδίως μέσω της ανάρτησης των σχετικών στοιχείων στην ιστοσελίδα της.

Για την άσκηση των αρμοδιοτήτων της η ΕΘΑΑΕ α) συλλέγει από τα επί μέρους ιδρύματα και αναλύει τα αναγκαία για την άσκηση των αρμοδιοτήτων της στατιστικά στοιχεία, β) παρακολουθεί συστηματικά την πορεία μετάβασης των αποφοίτων των Α.Ε.Ι. στην αγορά εργασίας, γ) αναθέτει την εκπόνηση ερευνών και μελετών σχετικών με το αντικείμενο της Αρχής.

Η Αρχή μπορεί να εισηγείται στον Υπουργό Παιδείας και Θρησκευμάτων την ολική ή μερική αναστολή της χρηματοδότησης ενός ιδρύματος αν το ίδρυμα, με δική του υπαιτιότητα, δεν παρέχει το απαιτούμενο υλικό πληροφόρησης και την απαραίτητη τεκμηρίωση.

Η διασφάλιση και βελτίωση της ποιότητας των ΑΕΙ αλλά και των προσφερόμενων προγραμμάτων σπουδών και τίτλων τους αναδεικνύεται ως θεμελιώδης στόχος της Ελληνικής Ανώτατης Εκπαίδευσης, με σκοπό την καλύτερη δυνατή ικανοποίηση των αναγκών της κοινωνίας και των προσδοκιών που αυτή εναποθέτει στα Ιδρύματα Ανώτατης Εκπαίδευσης. Οι στόχοι αυτοί ενισχύθηκαν περαιτέρω με τη θεσμοθέτηση της πιστοποίησης τόσο σε επίπεδο Ιδρύματος και Ακαδημαϊκών Μονάδων όσο και σε επίπεδο προγραμμάτων σπουδών.

Για την επιβράβευση και υποστήριξη βέλτιστων πρακτικών ποιότητας και καινοτομίας στα Α.Ε.Ι., θεσμοθετείται η ανάδειξη Κέντρων Αριστείας στην ανώτατη εκπαίδευση.

Ανώτατα Εκπαιδευτικά Ιδρύματα, Σχολές, Τμήματα ή διεπιστημονικές δομές των Α.Ε.Ι., καθώς και συμπράξεις των Α.Ε.Ι. με ερευνητικά κέντρα της ημεδαπής ή αλλοδαπής αναδεικνύονται ως Κέντρα Αριστείας από την ΕΘΑΑΕ, υστέρα από πρόσκληση υποβολής υποψηφιοτήτων και αξιολόγηση ειδικών επιτροπών που συγκροτούνται από το Σ.Α.Π., τα μέλη των οποίων ορίζονται με κλήρωση από το Μητρώο Εξωτερικών Εμπειρογνωμόνων που τηρεί η ΕΘΑΑΕ Κριτήρια για την ανάδειξη των Κέντρων Αριστείας είναι, ιδίως, η εξαιρετική ποιότητα και αποτελεσματικότητα του διδακτικού και ερευνητικού έργου, η αποτελεσματική δομή και οργάνωση των συναφών προγραμμάτων σπουδών, η σύνδεση διδασκαλίας και έρευνας και η υψηλή ποιότητα των υποστηρικτικών υπηρεσιών. Με απόφαση του Υπουργού Παιδείας και Θρησκευμάτων, που εκδίδεται υστέρα από πρόταση του Ανώτατου Συμβουλίου της ΕΘΑΑΕ., εξειδικεύονται τα κριτήρια αξιολόγησης ανά περίπτωση, καθορίζεται ο συντελεστής βαρύτητας εκάστου κριτηρίου αξιολόγησης των υποψηφιοτήτων και ορίζονται η ειδικότερη διαδικασία και οι λεπτομέρειες ανάδειξης των Κέντρων Αριστείας, η πρόσθετη στήριξή τους και κάθε σχετικό θέμα.