Στο πλαίσιο της εκπαιδευτικής αποστολής τους, τα Πανεπιστήμια παρέχουν ποιοτική και ολοκληρωμένη εκπαίδευση, σύμφωνα με τις τάσεις της σύγχρονης επιστήμης, της τεχνολογίας και των τεχνών, καθώς και της διεθνούς επιστημονικής πρακτικής. Για την εκπλήρωση της αποστολής τους, τα Πανεπιστήμια οργανώνονται και λειτουργούν με κανόνες και πρακτικές που διασφαλίζουν την τήρηση και προάσπιση ιδίως των αρχών:

α) της ελευθερίας στην έρευνα και τη διδασκαλία,

β) της ερευνητικής και επιστημονικής δεοντολογίας,

γ) της ποιότητας της εκπαίδευσης,

δ) της ποιότητας των υπηρεσιών τους, της αποτελεσματικότητας και αποδοτικότητας στη διαχείριση του προσωπικού, των πόρων και των υποδομών τους,

ε) της διαφάνειας στο σύνολο των δραστηριοτήτων τους,

στ) της αμεροληψίας των οργάνων τους κατά την άσκηση του έργου τους και κατά τη λήψη ατομικών και συλλογικών αποφάσεων,

ζ) της αξιοκρατίας στην επιλογή και εξέλιξη του προσωπικού τους,

η) της ίσης μεταχείρισης μεταξύ των φύλων και του σεβασμού κάθε διαφορετικότητας.

Οι ειδικότερες αρχές και κανόνες λειτουργίας, η οργάνωση και οι επιμέρους στόχοι κάθε Ιδρύματος, μέσα στο πλαίσιο που καθορίζει ο παρών νόμος, ορίζονται με τον Εσωτερικό Κανονισμό λειτουργίας του.

Ο Εσωτερικός Κανονισμός Λειτουργίας έχει σκοπό τη ρύθμιση της οργάνωσης και λειτουργίας του Πανεπιστημίου Δυτικής Μακεδονίας προκειμένου να διασφαλίζονται η ακεραιότητα, η διαφάνεια, ο έλεγχος της διοίκησης και ο τρόπος λήψης των αποφάσεων, καθώς και η συμμόρφωση με τη νομοθεσία και τις υποχρεώσεις που απορρέουν από την αποστολή των Πανεπιστημίων.