Με απόφαση της Συνέλευσης του οικείου Τμήματος καταρτίζεται ο Κανονισμός Μεταπτυχιακών Σπουδών κάθε Π.Μ.Σ., ο οποίος εγκρίνεται από τη Σύγκλητο και δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως. Οι Κανονισμοί του κάθε Π.Μ.Σ. καταρτίζονται με βάση τα πρότυπα αντίστοιχων Κανονισμών που καταρτίζει η Σύγκλητος με απόφασή της.

Ο Κανονισμός Μεταπτυχιακών Σπουδών κάθε Π.Μ.Σ. καθορίζει τον αριθμό και τη διαδικασία επιλογής εισακτέων, τις ημερομηνίες και τον τρόπο εγγραφής των ενδιαφερομένων, καθώς και τις δηλώσεις των μαθημάτων που θα επιλέγονται σε κάθε εξάμηνο, το αναλυτικό πρόγραμμα σπουδών, τη διάρκεια φοίτησης, τις ειδικότερες προϋποθέσεις και τη διαδικασία πρόσκλησης επισκεπτών διδασκόντων, τις υποχρεώσεις για τη λήψη Μ.Δ.Ε και τα σχετικά με την εκπόνηση διπλωματικής εργασίας, καθώς και κάθε άλλο θέμα που σχετίζεται με την οργάνωση και τη λειτουργία του Π.Μ.Σ.